オートローラーズ
デストロンに雇われた傭兵部隊。インセクトロンとは浅からぬ因縁がある(対決セットもインセクトロンが相手)。ガイアを訪れる前に既に何らかのメカをスキャンしていた他のデストロンとは異なり、彼らは初登場した際はまだプロトフォームの状態であった(ただしプロトフォームは『TFとして誕生する前の休眠状態』を指す為、元々の設定に則れば、別の惑星で有機生命体をスキャンして得た『ビーストモード』と考える方が妥当)。そのため、メカをスキャンした後と前とでは姿が全く違い、外見(カラーは灰色でフォルムは人間そのもの)も四人とも同じであった。スキャン後は他のデストロンと比べて人型からやや外れたフォルムをしているのが特徴(掌がきちんと存在するのはオートランチャーのみ、他のメンバーは全て手首が武器になっている)。メンバー全員が肉弾戦を得意としている。
漫画版では出番は少ない。
親衛隊長オートスティンガー(ダンプカー)
声 - 宮澤正
オートローラーズのリーダー。武器は左手のペンチ式スタンガンと右手に仕込まれたミサイル。玩具はG-2期に海外で発売された(日本未発売)デストロン・ダートバグの色替えでG-2では体の色が黄緑色であった。
テックスペックではデストロンと敵対し敗れたが、ガルバトロンに処刑を免じられた過去を持つ。
陸上親衛隊オートクラッシャー(ホイールローダー)
声 - :上別府仁資
強固な装甲が特徴。「軍人は闘いの意味を考える必要は無い」を座右の銘としている歴戦の鬼軍曹。武器は左手のチェーンソーと右手のミサイル砲。玩具はオートスティンガーと同じく、G2の海外展開で発売されていたロードブロックの色替えであり、色はオートクラッシャーにやや似ている緑色(因みに当時から『オートローラー』というカテゴリーだった)。
航空親衛隊オートジェッター(F/A-18 ホーネット)
声 - 小和田貢平
凶暴で好戦的な性格を持つ。武器は両腕のミサイル。 試作時は緑と黄色であるが今作では青と灰色。
テックスペックでは事故で墜落させられた屈辱から虫が嫌いだとされている。
突撃親衛隊オートランチャー(装甲車)
声 - 高橋広樹
控えめな性格だが、テックスペックでは逆に目立ちたがり屋という設定。武器は二丁拳銃と胸部のディスクミサイル、肩のミサイル砲。武装が彼だけ多い。色は試作時は青と白だったがこの作品で発売された際に青の部分は赤に変更された。
オートランチャーとオートジェッターの玩具は、G-2において発売中止になったものが復活したものである。一時期の玩具カタログに、海外ではデストロンであるインセクトロンが海外版のカラーリングで、オートローラーズのオートスティンガー、オートクラッシャーはG-2時のカラーリングのものが、オートランチャー、オートジェッターはG2時に想定されていたと思われるカラーリングで掲載された。
宇宙海賊シーコンズ/合体海神ゴッドネプチューン
エネルギーを求め、宇宙をさすらっていた海賊。5体合体して「ゴッドネプチューン」になる。ちなみに本編では(合体時を除き)単体で変形する事はあまり無い。ちなみに玩具はかつての「キングポセイドン」の流用(ただし、今回ロブクロウは未登場)である。海賊としてのプライドが高くデストロンやサイバトロンにも理由が無い限り協力も敵対もしない。後に宇宙に再出航した時に人工惑星ネメシスに捉われてガルバトロンに操られてしまい、サイバトロンと戦わされてしまう。ネメシスから開放された後は船のエネルギーをサイバトロンに与えて自分等は小惑星に乗ってあらたな旅に出ることとなる。 漫画版ではゲストキャラ扱いで、ビッグホーンとスキュウレの結婚式(スキュウレはスクーバの事を「ビッグホーン」という名前と勘違いしていた)に乱入してきたデストロンを相手に、サイバトロン達と共闘した。
海賊頭領ハーフシェル(カメ)
声 - 西松和彦
シーコンズ頭領。部下からも慕われている。単体でのロボットモードの登場回数が一番多い。
海賊雷撃兵テラマンダー(エイ)
声 - 上別府仁資
シーコンズの空中戦力。のんびりした性格。
海賊奇襲兵シーファントム(サメ)
声 - 一ノ渡宏昭
シーコンズの切り込み隊長。密かにスキュウレに恋心を抱いている。
海賊参謀シーラゴン(シーラカンス)
声 - 宮澤正
シーコンズの老兵。いろんなお宝の情報を知っているが、少々ボケ気味。
海賊謀略員スキュウレ(イカ)
声 - 松本美和
シーコンズの紅一点。スクーバに好意を持つが、そのスクーバからは嫌われ、逆にビッグホーンに好かれまくっている(彼女はビッグホーンを恐れている)。ハーフシェルを除いては彼女だけしか単体でトランスフォームしていない(それも一度だけ)。ビーストモードはお世辞にも美しいとは言えないが、ロボットモードは意外にも美人。
漫画版ではビッグホーンとスクーバが彼女を巡って決闘するエピソードがある(スクーバにはその気は無かったが、真剣なビッグホーンの姿を見て敢えて決闘に応じた)。スキュウレもビッグホーンを振ったものの、「アンタがイカに生まれてたら良かったのにね……」と好意を抱いている事を匂わせるような素振りはあり、ビッグホーンは(スルメを使って)イカを根性でスキャンし直そうとしていた。
月の監視者
ガイア監視員アルテミス
声 - 樋口智恵子
少女型ロボット。(変身及びトランスフォームはしていない)
ムーンと共に常に月の裏側からトランスフォーマーの戦いを見守っている謎の存在(?)。
ミーハーな性格で、スクーバとスタースクリームが好き。同じようにスクーバに好意をもつスキュウレをライバル視している。
実は惑星ガイアの人々が残した監視プログラムであった。
続編である『ネオ』の最終回では他のキャラと競演し宴に参加している。
ガイア監視員ムーン
声 - 竹内順子
ウサギ型ロボット。
アルテミスとは異なり人型のロボットに変身する事が出来る。
ロボットモードで数回惑星ガイアに降り立った事があり、バリアのためライオジュニア以外のTF達には彼の存在は見えず、声も聞こえないが、人知れずサイバトロンの危機を救った事もある。
玩具も発売され、一般発売の前に懸賞の商品になっており一般発売のものとはカラーリングが異なる。
続編である『ネオ』の最終回では他のキャラと競演し宴に参加している。
ミング カメリア ハード ナーナ バスロフ バイザー シースルー ピンポン アール キンメイ おもいで モスク バゲージ きらめき ワシン ステージ ドンキ バージョ トンガ スノイズ 春が来た ガスマ オープン チルド シクラメ オーバ ケール バタリアン オカル イシュー トップ スタイ スロバキア ミドルエ ミニマム マキドイ フェイ 王様の楽園 ミラー フーズフー 時の風 リーバイ ゴユリ レイキャ ブラン フリップ ショット ホイール ガーデ アルフ
その他
ナレーション
声 - 小村哲生
スターアッパー(カンガルー)
コミックボンボンに連載されていた今木商事の漫画版に登場した、読者考案のトランスフォーマー。元々宇宙ボクシングの選手だが生まれついての気の弱さからタイトルマッチから逃げ出し、宇宙を放浪するうちにトランスフォームもまともにできなくなってしまう。故にサイバトロン、デストロンどちらにも属していない。ライオコンボイ不在時にアパッチからの救助要請を偶然キャッチし、「ちょっと司令官気分を味わえるかな」と思って惑星ガイアに着陸。サイバトロンの臨時司令官となる。気は弱いがそのパンチ力は絶大であり、ギガストームすら一撃で倒した。ライオコンボイの復帰後は自身もボクシング界に復帰。見事チャンピオンとなる。また、最初から彼を知っていたライオコンボイと正体を明かされたタスマニアキッド(薄々気づいていたような描写はあった)以外は最後までスターアッパーがサイバトロンからの助っ人だと信じていたようである。ゲームボーイのゲームにも隠しキャラとして登場したほか『ネオ』にも一瞬だけ登場している。
コンボイ(ビーストコンボイ)(ゴリラ)
声 - 子安武人
前作ビーストウォーズ 超生命体トランスフォーマーのコンボイ。
劇場版に登場。『ビーストウォーズ』の最終回でエイリアン兵器に体当たりした瞬間に、惑星ガイアに飛ばされてきたとの設定で登場する。
コミックボンボンに連載されていた今木商事の漫画版にも登場。ガルバトロンにマトリクスを破壊され、アンゴルモアエネルギーによって暴走するライオコンボイを救う為に現れ、一瞬でマトリクスを復活させた。
他にも漫画版では最終決戦に向かう、サイバトロンの前にも現れるが、この時タスマニアキッドの「ゴリさん」と言う渾名を「気に入った」と冗談で返している。
映画と漫画版ともにアパッチが言うには「伝説の総司令官」と噂されているらしい。
玩具
今回の変形はサイバトロンが動物、デストロンが兵器・機械にそれぞれ統一されており(変形時のかけ声も、両軍で「変身」「トランスフォーム」と違っていた。なお、漫画版では双方とも「変身」に「トランスフォーム」とルビがふられている)、前作には登場しなかった合体キャラクターも参戦した。玩具は、サイバトロンはおもに前作『ビーストウォーズ』にて海外発売されたがTVには登場しなかったキャラクター、デストロンはおもに旧トランスフォーマーシリーズ(G2など)で発売されたキャラクターを改修したものである(ライオコンボイ、ガルバトロンは日本オリジナル)。
なお、ダイバー、インセクトロン、ジョイントロンなどは、もともと海外ではデストロンとして販売されていた。(ロンがついているのがその名残)